Jor jag vet inte hur man tar bort autostart i själva programmet för jag använder väldigt sällan de där.
Om du är inne i registret i någon av run-katalogerna så är det ofarligt att ta bort nycklar där, det är bara genvägar så att säga. Problemet är att om du sen vill att programmet ska starta automatiskt igen måste du antingen lägga till nyckeln igen och komma ihåg var den skulle ligga (vet inte hur stor koll du har =D ) eller så går det också att lägga till en genväg i den vanliga autostarten.
Det där med msconfig känner jag inte till, sitter just nu på 2000 så kan inte kolla...